steineggerlab/foldseek
این ابزار برای مقایسه سریع و حساس مجموعه‌های بزرگ ساختارهای پروتئینی طراحی شده است.
کاربرد:
مقایسه ساختارهای پروتئینی با سرعت بالا و دقت مناسب برای یافتن شباهت‌های ساختاری که ممکن است در توالی مشهود نباشد.
در چه شرایطی بهتره استفاده شود؟
وقتی با حجم زیادی از داده‌های ساختاری کار می‌کنید و نیاز به جستجوی سریع و کارآمد دارید، مثل زمانی که ده‌ها هزار ساختار پروتئینی رو باید با هم مقایسه کنید.
چند مثال از موارد استفاده:
یافتن پروتئین‌های ساختاری مشابه در بانک‌های اطلاعاتی بزرگ
کشف خانواده‌های جدید پروتئینی بر اساس شباهت ساختاری
تحلیل نتایج پیش‌بینی ساختار پروتئین از ابزارهایی مثل AlphaFold
پیش‌بینی عملکرد پروتئین‌های ناشناخته از طریق شباهت ساختاری
- ##Foldseek
- ##ProteinStructure
- ##Bioinformatics
- ##StructuralBiology
- ##AlphaFold
- ##FastSearch
- ##ProteinComparison
- ##ComputationalBiology
- ##StructureBasedSearch
- ##MolecularModeling