پروژه rnaseq

nf-core/rnaseq

این یک پایپلاین تحلیل داده‌های RNA-seq است که به صورت استاندارد و قابل تکرار، فرآیند پردازش داده‌های توالی‌یابی را انجام می‌دهد.

از ابزارهای معتبری مثل STAR، HISAT2، RSEM و Salmon برای همترازی و شمارش ژن/ایزوفرم استفاده می‌کند.

کاربرد:

این پایپلاین برای تحلیل داده‌های RNA sequencing (RNA-seq) طراحی شده و می‌تونه:

همترازی توالی‌ها به ژنوم مرجع

تخمین بیان ژن و ایزوفرم

انجام کنترل کیفیت گسترده (مثل FastQC، MultiQC)

تولید خروجی‌های قابل استفاده برای تحلیل‌های بعدی مثل Differential Expression

در چه شرایطی بهتره استفاده شود؟

وقتی که می‌خوای یک تحلیل استاندارد، قابل تکرار و بدون خطا از داده‌های RNA-seq داشته باشی — مخصوصاً در محیط‌های تحقیقاتی یا کلینیکی که دقت و شفافیت مهمه.

همچنین برای داده‌های single-end یا paired-end و از انواع نمونه‌های bulk RNA مناسبه.

چند مثال از موارد استفاده:

مقایسه بیان ژن بین گروه کنترل و بیمار

تحلیل تغییرات بیان ژن در پاسخ به دارو

اعتبارسنجی نتایج توالی‌یابی با ابزارهای مختلف (مثل مقایسه خروجی STAR و Salmon)

استفاده در پروژه‌های بزرگ همکاری‌محور با فرآیند استاندارد شده