cxli233/ggpathway
این یک آموزش عملی برای تصویرسازی مسیرهای بیولوژیکی (Pathway Visualization) با استفاده از ابزارهای قدرتمند R مانند tidyverse، igraph و ggraph است.
کاربرد:
این پروژه به محققان و دانشمندان زیستی کمک میکند تا دادههای پیچیده شبکههای متابولیک، سیگنالینگ یا ژنتیکی را بهصورت گرافیکی و حرفهای نمایش دهند.
در چه شرایطی بهتره استفاده شود؟
وقتی که نیاز داری دادههای مسیرهای بیولوژیکی (مثل KEGG یا Reactome) رو بهصورت ساختار گرافیکی و قابل سفارشیسازی در R ترسیم کنی. مناسب زمانیه که میخوای از قابلیتهای ggplot2 و سبکهای tidy data استفاده کنی.
چند مثال از موارد استفاده:
- نمایش مسیرهای متابولیک با رنگهای متفاوت بر اساس بیان ژن
- ترسیم شبکههای تعامل پروتئین-پروتئین با ggraph ️
- ایجاد نمودارهای سلسلهمراتبی از فرآیندهای سلولی
- تحلیل و بصریسازی دادههای omics در محیط R
- ##bioinformatics
- ##Rstats
- ##ggraph
- ##igraph
- ##tidyverse
- ##pathway
- ##data
- ##omics
- ##computational
- ##systems